Construída em 1841, inicialmente com capela homônima, foi erguida pela família do proprietário da Fazenda do Rio São João, João da Motta Ribeiro. Em 1858, a capela foi elevada a igreja matriz. Ainda no século 18, o coronel João da Motta Ribeiro, primeiro morador da cidade, trouxe a imagem do Senhor Bom Jesus, vinda de Amparo (Portugal). A obra é uma iconografia rara, pois representa Jesus aos 12 anos de idade. Esta originou o nome da cidade de Bom Jesus do Amparo.
Em 1917, a Igreja passou por uma reforma, só finalizada em 1921. Localizada na Praça Cardeal Motta, o local hoje é mantido pela Diocese Itabira-Fabriciano, comporta uma estrutura que celebra festas do padroeiro, festividades da Semana Santa e festas juninas.